Standardmäßig importiert DEVONthink Dateien, indem es diese in die Datenbank kopiert. Dadurch entsteht eine in sich geschlossene Datenbank. Diese lässt sich problemlos sichern oder als eine einzige Einheit transportieren. Es liegt an Ihnen, ob Sie die Originale löschen möchten. Viele Leute entscheiden sich dafür, die externen Kopien nicht aufzubewahren.
Alternativ können Sie auch externe Dateien und Ordner indizieren, was einfach Referenzen auf diese zu Ihren Datenbanken hinzufügt. In diesem Fall dürfen Sie die Dateien außerhalb von DEVONthink nicht verschieben oder löschen, da sonst die Referenzen zerstört werden.